第九作眠狂四郎（市川雷蔵）は、闕所物奉行・朝比奈修理亮（金子信雄）から京都御所へ運ぶ献上品の警護を懇願されたが、それを拒否する。だが、狂四郎は余命いくばくもない姉が京都の尼寺にいることを聞きつけ、京都へと向かった。一方、江戸を旅立った献上品警護の一行は、三枝右近（成田三樹夫）を首領とする隠れキリシタンの一派・黒指党の襲撃を受けた。彼らが宝物と崇める南蛮渡来の純金のクルスを奪還するためであった。さらに、黒指党は二人の女を使って狂四郎を狙う！